内蒙古自治区境内的铁路线路由铁道部下属的三个铁路局管辖 。
1、哈尔滨铁路局管辖部分:呼伦贝尔市全境。
铁路线路:干线2条:滨洲线(哈尔滨—满洲里)、牙林线(牙克石—满归)。
支线5条:博林线(博克图—塔尔气)、伊加线(伊图里河—加格达奇)、伊敏线(海拉尔东—伊敏)、朝乌线(朝中—莫尔道嘎)、卓江联络线(牙克石—汇流河)。
2、沈阳铁路局管辖部分:兴安盟全境、通辽市全境、赤峰市南部。
铁路线路:干线2条:平齐线(四平—齐齐哈尔)、京通线(北京北—通辽西)。
支线5条:大郑线(大虎山—郑家屯)、通让线(通辽东—让湖路)、通霍线(通辽北—霍林河)、通辽南线(通辽—通辽南)、叶赤线(叶柏寿—赤峰)。
3、呼和浩特铁路局管辖部分:内蒙古自治区中西部地区:呼和浩特市、包头市、乌海市、鄂尔多斯市、巴彦淖尔市、乌兰察布市、阿拉善盟、锡林郭勒盟、赤峰市北部。