故事的设定发生在二十一世纪中期，男主林肯6-E是一个帅帅的小伙，他和一群伙伴们生活在一个封闭的地下城中。这个地下城生活设施齐全，大家在这里每天吃饭、睡觉、锻炼，生活非常健康而节制，多美好的生活！但是唯一的缺点是没有自由，不能恋爱，也不能外出。根据地下城城主的说法，目前的地球经历过核战争，而他们是幸存者，地表已经全部被核污染了，所以不能出去。
地下城唯一有点乐趣的事情就是抽奖旅游，每隔一段时间，就会进行类似大乐透一样的抽奖，中奖的人就获得进入世外桃源旅游的机会，据说，那个地方很漂亮很美好，去的人之后一般都舍不得回来。
林肯心目中的女神，美丽的乔丹2-D，这次中奖了，大家都为她高兴。
随后，林肯跟踪一只飞蛾，通过通风管道，发现地下城的上方居然是一家医院。他对医院进行观察，发现以前所谓抽中大奖进入世外桃源的人在这里被取走了器官，谋杀了。
林肯大惊失色，连忙返回地下城，带上乔丹逃跑，基地也跟踪抓捕他们。林肯和乔丹在逃跑中见到了克隆人培养车间，大批的克隆人安静地躺在在这里接受营养，慢慢长大。
林肯和乔丹经过重重困难，最终还是逃出了地下城，来到地面。发现这里非常荒凉，但是根本没有污染，这一切都是谎言。
二人首先找到了地下城技术员，技术员告诉了他们真相。地下城的人员其实都是克隆人，他们的本体花钱委托城主来克隆自己，相当于是给自己买的保险，这样可以随时更换自己的器官。最开始的克隆人是植物人，但是这种人的器官移植效果很差，因此，地下城对克隆人进行了升级，他们被灌输了记忆，像正常人一样生活。
二人得知真相，决定去找林肯的本体，希望本体能解决这个问题。此时地下城的私军和国家的军队都盯上了他们，开始抓捕他们。因为克隆人一旦出逃，会带来严重社会问题。两人再次经历重重危险，在主角光环加持下，成功出逃，并找到了本体。但是本体私心很重，偷偷给城主打电话来抓捕林肯。
当地下城军队再次杀到时候，林肯机智的将身份辨别手环置于本体身上，这样，本体被杀死。
此时，事情越闹越大，城主决定对所有克隆人进行销毁。二人为了拯救其余克隆人，又返回地下城，经过一番打斗，干掉了城主，解救了其余克隆人。
获救后的大批克隆人，来到了地面上，呼吸着自由的空气，他们的生命暂时安全了，但是命运又将如何呢？
电影剧情到此就结束了，导演迈克尔·贝用了一种商业化的模式拍摄了这部电影，让观众在欣赏激烈的打斗中，还有让杀手杀死本体这样的冷幽默中轻松观看这部电影。在观看电影之余，导演也提醒了我们一定要慎重对待人体克隆，没有把握之前万万不可打开这潘多拉的魔盒。
