1、放冰箱冷藏
把切开吃不完的菠萝蜜连皮放进家里的冰箱冷藏，但要记住在放进去之前，要给菠萝蜜封上一层保鲜膜。放进冰箱保鲜后，想吃了随时都可以从冰箱拿出来，风味还是一样的美味。但要记住最好在5天之内把剩下的菠萝蜜吃完，不然超过了5天，菠萝蜜会发酵变质，到时候就不好如果是已经切开的菠萝蜜，最好是快点吃完，以免果核发芽。(即使发芽，也同样可食用)。
2、放阴凉通风处
将剥开的菠萝蜜包上保鲜膜，然后放在放有竹叶、碎纸或蕉叶的竹筐或纸盒中，并放置阴凉通风处即可。存放时要注意好温度和湿度，一般情况下，存放温度保持在11～13度左右，湿度在85～95%条件下最好，这种可存放5～7天左右。当然，最好是在5天内吃完，因为若温度太高的话，菠萝蜜会容易发酵，就不能食用了。
3、放冰箱冷冻
可以放冰箱里冷冻保存，但不宜久冻，一般放置两天就可以了，存放久了会使口味和营养受很大损伤，失去食用价值。具体方法是将菠萝蜜用保鲜膜包好，然后放入冰箱里，等到食用时，用盐水泡一下即可。
4、加工成菠萝蜜干
吃不完的菠萝蜜还可直接通过加工做成菠萝蜜干，一般用微波炉或烤箱用小火慢烤，逐步将水分烘干即可这样可存放很久，值得注意的是，在烘烤时，要中途翻面，以保证水分均匀烘干。
