保罗是被罗马皇帝尼禄处死的。
公元67年,在罗马帝国东部作第五次传教漫游后,保罗返回耶路撒冷。但根据资料记载,最有可能的情况是,保罗被当时罗马暴君尼禄下令逮捕,后被送往罗马接受审判。
还好保罗拥有罗马公民的身分,尚有较优渥的待遇,得以接见亲朋,提摩太后书就是于此时完成的。经过多次的庭审,至终被判定为死刑,又因他是罗马公民,所以不需要受钉十字架的酷刑,他的刑罚较为轻易,保罗于公元68年被斩首处死。
根据古代的传说,他被刽子手带到南城的奥斯第亚门(Osteia)离城约二英哩的埃圭赛维(Aquae Saviae)刑场斩头。后来的君士坦丁大帝在此处建了一座圣保罗堂,作为他殉道的纪念。