三个方面的原因：
第一，捷克觉得吃亏。
其实在捷克斯洛伐克内部，就是捷克和斯洛伐克这两个民族国家组成。而长期以来，捷克的发展远远高于斯洛伐克，当时捷克工业发达，经济增长很快，但是斯洛伐克相对较慢。因此，长期以来，捷克人认为自己吃亏，在补贴穷兄弟斯洛伐克，所以一直都有不满。而在冷战时期，捷共领导下，这个矛盾才不那么突出。而苏联解体，使得捷克想自己单干，自己过好日子。
第二，斯洛伐克也不满意。
斯洛伐克一直是欧洲一个主要民族，早在奥斯曼帝国和奥匈帝国时期，斯洛伐克就想要独立建国，成立自己的国家，最终还是被并入捷克。而斯洛伐克人虽然穷，发展滞后一点，但是这种独立的愿望那是非常强烈。
而在捷克斯洛伐克内部，政权都是捷克掌控，斯洛伐克认为自己吃了亏，处于被支配的状态。所以也想自己单干，不受捷克的气，因此斯洛伐克也想独立。在冷战时期那是没办法，搞不过捷克，更是害怕苏联，所以才压制住了。
第三，政权的失去。
本来捷克和斯洛伐克是强行在一起的，当时捷共领导。但是在1968年布拉格事件中，苏联对捷共进行了清洗，开除了超过50万人。而且此后捷共的政策基本上是完全听苏联的，就是苏联的附属国。为此，捷克斯洛伐克百姓不满，尤其是捷共，日益失去人心。因此，苏联刚解体，捷共在选举中就失去了执政地位，这使得两个国家连统一在一起的标志都没了。
因此，在和平协商的基础之上，两个国家和平分手。值得一提的是，捷克斯洛伐克的解体那是全世界的典范，和平分手，而且分手后还是和和气气的，到现在两国都是非常紧密联系，相互帮助。直到现在，解体后的捷克和斯洛伐克发展不好，两国甚至都想再次合并，可见这两个国家都是很理性的分开的。
