皮蛋，从明朝初年诞生，迄今已有五百多年的历史。皮蛋的发明者无考，现今能查找到的最早记载是1504年成书的《竹屿山房杂部》。该书记录了最早的皮蛋的制法：“取燃炭灰一斗，石灰一升，盐水调入，锅烹一沸，俟温，苴于卵上，五七日，黄白混为一处。”其时，皮蛋还不叫皮蛋，而是拥有一个充满上古神话意味的名字：混沌子。明朝末年，思想家方以智发现，鸭蛋在不同的炭灰中会发生不同的化学变化，由此导致蛋内味道的不同，所以他在《物理小识》将之称为：变蛋。这也是皮蛋早期的名字，至今有些地方仍然如此称呼。
民间流传中，皮蛋的诞生有两则传说。第一则类似于现今小吃店张贴在墙上的软文广告，说明代泰昌年间南方一家小茶馆内，老板懒怠，喜欢随手将泡过的茶叶丢进炉灰中，刚好店家养的鸭子特喜窝在软乎乎的炉灰里生蛋，一来二去，鸭蛋在与炉灰、茶叶的亲密接触中发生了化学变化，便有了今日皮蛋的雏形。
第二则传说和朱元璋有关。兵马未动粮草先行，话说朱元璋逐鹿中原时为给兵士屯粮，派了部下去洞庭湖一带收购食物。部属带回的“粮草”中就有大量的鸭蛋。鸭蛋这玩意娇气得很，既不方便军旅携带还不能久存，于是后勤部听从了当地鸭农的建议，将鸭蛋埋进石灰中随军而行。日复一日攻城略地的战争中，朱元璋逐一击溃对手，回头一瞧，咦，鸭蛋成了皮蛋。朱元璋也由此落得了爱吃皮蛋的名声。
