matrix一开始是人类要求机器人设计的，那什么用人类做电池都是骗人的，机器人是忠心于人类的，机器人三定律。人类已经放弃去寻找星球的，已经放弃自我了，懒惰得什么都不想做了，沉迷于虚幻的世界，把维持世界的事情全部交给机器人来管理了，人类全部进入虚幻的世界。就是说，人类把自己困在了matrix，维生机器都是用来保护人类的，机器人都是听命行事的，而且人类不希望有人从中醒来，醒来就抛弃，人类从此活在虚幻的世界之中。 然后说出故事本来的目的吧，人类把种族困在了matrix，机器人是忠心于人类的，机器人三定律。建设师不忍心人类继续这样下去，他设计好圈套，让一部分人醒来，让他们逃走，让他们建立锡安，让他们知道外面有机器人在控制他们，让他们跟机器人对抗，让人类知道机器人是坏的，是控制他们的，要人类打败机器人，夺回地球的控制权，重新回到现实，让人类种族回到正轨，而不是沉迷于虚幻，自己困住自己。 然后说回故事吧，建设师是控制不了matrix的，他只是一个管理员，matrix是人类制造用来困住人类的一个系统，matrix本身就是听从人类的命令建造的，现实世界和虚幻世界一起构成了matrix。在现实世界，机器人听从人类最初的安排，不能让人类醒过来，所以要消灭人类。而在虚幻世界中，小版本大版本的更新，来到尼奥这里就是准备换6.0版本了，建筑师按照计划准备更新。但是建设师不想按照计划，他和先知改写了剧本，本来莫菲斯就是救世主，准备更新版本了。这就是故事开头，然后先知开始误导莫菲斯，找到了尼奥，突破特工的阻挠，引导尼奥成为救世主，成为超级病毒，消灭了史密斯这个杀毒软件，也激活了他。 在锡安，人类觉得自己必须打败机器人，而尼奥一群人却要回去matrix希望先知帮助他们寻找对抗机器人大军的办法，先知要尼奥去找建设师，首先是史密斯找上门，（史密斯成为了专门针对尼奥的杀毒软件，成为了跟救世主对立的存。）面对非法程序跟史密斯的各种刁难，尼奥最终还是来到了建设师的房间，而建设师用“机器人为了维持稳定释放部分人类来达到平衡”的故事欺骗了他，把他激怒了，让他觉得锡安是在机器人控制之下的，说出了保护锡安的方案（其实锡安一次都没有被摧毁过，五次都守住了。）要他牺牲自己完成版本更新，稳定机器人的统治。而建设师算计了尼奥，用他最看重的崔妮蒂，让尼奥重走前五代救世主的覆辙，而在真实世界机器人的进一步追击，让尼奥发现了自己能够控制机器人。 建设师和先知的计划成功了，而尼奥的思维却被matrix困在了虚幻世界，非法程序也帮助matrix把尼奥困在了的一个孤立的空间，莫菲斯重新回去matrix寻求先知的救助，而此时的matrix发生了很大的变化，先知也完成了升级，matrix认真依照旧人类的安排，努力维护虚幻世界的平衡，而非法程序把自己封闭起来，维持自己的存在。（非法软件是听从matrix的，而先知是帮助人类的，所以他们是对立的。） matrix想要毁灭锡安来完成人类最初的安排，派出机器大军去消灭觉醒的人类。（建设师是控制不了matrix的，他只是一个管理员，matrix是人类制造用来困在人类的一个系统，matrix本身就是听从人类的命令，现实世界和虚幻世界一起构成了matrix。）史密斯入侵了一个人的大脑并控制，摧毁了人类的反击计划。（人类的大脑能进去matrix，说明人类已经是3.5维生物了，人脑可以被控制是因为这时候的人类已经不是现在我们这样的人类了。）人类重新规划反击，尼奥想要回到源头，突破了史密斯的阻挠，也激活了自己的感知能力。而先知的故意牺牲让史密斯失控了，杀毒软件感染了全部人类，matrix主机存在死机的风险。 然后，机器人钻破了地面，锡安守卫战开始了。而尼奥来到了源头，崔妮蒂却牺牲了。在面对锡安被攻破的威胁，和matrix主机存在死机的风险，建设师询问尼奥到底该怎么办。尼奥最终明白了建设师跟先知的计划，他牺牲了自己来完成了整个matrix6.0的更新。 而最后，建设师答应了先知的要求，允许更多的人离开matrix。人类的未来如何？
