1946年解放战争全面爆发后，冈村宁次成了国民党国防部高级军事顾问，为国民党出了不少主意。
在南京隐居期间，冈村宁次写下了《毛泽东的兵法及对付办法》《围点打援是共军的作战特点》《以集中兵力对集中兵力歼灭共军》等一系列协助国民党与共产党作战的文章。每每国民党军事当局有新的作战计划，国防部总会派人来请教冈村宁次。简直可以说，冈村宁次成了蒋的智囊级人物，发挥的作用可以顶得上几个师。甚至后来冈村宁次被内定“无罪释放”临回国之前，负责死守大上海的汤恩伯，还专门跑去请救冈村宁次对长江防御的“高见”。
1948年3月，远东国际军事法庭多次要求提审冈村宁次，国民党一面以其病重为名，拒绝交人，一面在舆论的压力下，有模有样地搞起了“审判”。就这样，在抗战胜利3年后，冈村宁次才真正成为中国政府的囚犯。淞沪警备司令汤恩伯面见蒋介石，力陈冈村宁次在停战时投降国军有功，应对其判无罪；还有冈村给高层贡献的无数个管用的“智慧”，那是“好处大大的”。与冈村私交甚笃的汤恩伯又上下活动，为冈村开脱罪行。经汤恩伯“力阵谏言”，蒋介石终于下了放冈村宁次一马的决心。
1949年1月26日，国民党军事法庭对冈村宁次的案子进行最后一次公审，宣布“被告冈村宁次无罪”。消息一出，震惊全国。在全国人民以及中共中央的激愤声讨声中，代总统李宗仁被迫下令再次逮捕冈村宁次。然而，汤恩伯却将李宗仁的命令扣压不发，秘密将冈村宁次送上了开往日本的美国轮船。
1949年国民党战败前夕，战争狂人冈村宁次毫发无损地回到了日本。1950年，退入台湾的国民党企图重振旗鼓，在台成立了革命实践研究院，特聘冈村宁次为其高级教官。
1966年9月，冈村宁次因为心脏病突发去世，时年82岁。这位双手沾满中国人民鲜血的侵华日军战犯，利用国共之间的矛盾，最终逃脱了惩罚。
