由于氢键是一种较弱的相互作用，磷酸二酯键是一种较强的相互作用，所以在加热的时候可以使得氢键断裂，而磷酸二酯键不断裂。
此外，DNA解旋酶，RNA聚合酶都可以使得氢键断裂；而限制性核酸内切酶可以使得磷酸二酯键断裂
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