第345集《与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案》。
小五郎和柯南都收到了一封邀请参加特殊的鬼怪聚会的信，柯南的邀请信里却提到了工藤新一的名字，表明她们已经知道了柯南的底细，同时柯南的行动受到了监视，为了能与黑衣组织见面，柯南决定参加聚会，但遭到了小哀的阻拦，于是柯南用麻醉针将小哀麻醉，独自一人去了鬼怪聚会的魔鬼船。
这时故事分成了两个线索，一条是柯南还原了工藤新一的样子与小五郎分别化妆参加了聚会，但在聚会现场组织聚会的导演被人杀死，围绕这个谋杀案，柯南与小五郎开始调查，最后发现是假扮狼人的人杀死了导演，而且他是被黑衣组织胁迫杀人的，当黑衣组织以为找到了工藤新一时发现原来在船上的不是新一而是服部平次。
另一条线就是，被麻醉的小哀醒来后发现柯南不见了，还原的药也少了一颗，于是认定柯南还是去参加了聚会，此时新初医生打来电话说要带她去检查，于是小哀同意与其前往，但半道上发现新初医生是黑衣组织的贝尔摩德假扮的，便于其发生了冲突，小哀被挟持，当贝尔摩德以为得逞时小哀变成了柯南，原来她挟持的是柯南假扮的小哀。
最后美国的FBI参与其中与黑衣组织发生了枪战，发现不对劲的小兰也到了现场。总之就是，黑衣组织还没有落网，贝尔摩德再次逃走，而且由于内部的问题她没有将柯南就是工藤的事报告，而工藤会继续以柯南的身份出现。
