《庭院深深》讲述的是一个美国归来的博士方丝萦,为了一个她为之心动的小女孩,留在一个偏僻的地方,当了一个小学的老师。这个美丽聪明的女孩叫柏亭亭,她有一个瞎了眼的父亲,有一个美丽但凶恶的继母。小女孩为了不让瞎了眼的父亲操心,忍受着继母的一切。渐渐知道了小女孩的一切,知道她成绩不好,爱说谎,方丝萦决定要帮助她。方丝萦主动要求给女孩补课,柏亭亭的父亲柏霈文知道后,执意要方丝萦搬到他家里来住,做亭亭的家庭教师。
方丝萦到了柏家,才知道柏霈文给自己准备了一个特别的房间,方丝萦震动了。柏霈文问她是否满意这样一个房间,方丝萦只能说他不必如此。几天后,柏霈文的妻子回到了家,她不理解这个不受理人的丈夫为何如此地宠爱一个家庭教师,而且打破了他自己定下的规矩,把家里插满了玫瑰花。她刁难方丝萦,希望她能离开,但方丝萦在柏霈文的哀求下,留了下来。
几天后,柏霈文打电报请来了以前的一个朋友高立德。真相终于大白了,原来,方丝萦就是柏霈文深爱着的、以为死去了的前妻章含烟。