稍微有些脏的金刚菩提可以用干净纱布揉搓，去除表面污垢，如果很脏则需要用软毛钢丝刷清理，先刷十来天，再换成猪鬃刷来清理，反复刷几次即可。除此之外，金刚菩提子也可以水洗、水刷，平时注意避免让金刚菩提接触化学制品。
1、纱布揉搓
若是金刚菩提子表面不是很脏，可将其放在干净的纱布中来回揉搓，每天揉搓的时间不要少于30分钟，这样可以去除表面的污垢，还能形成一定的打磨效果，看起来也会更加光亮。
2、刷子清理
在金刚菩提子很脏的情况下，比如出现了反碱，可以先用软毛钢丝刷清理，大概刷十来天，然后用猪鬃刷清理，每次下刷子注意保持45度角，期间用刷子的毛面轻轻拍打，也可以先用刷子蹭脸上的油再刷，反复几次即可清理干净。
3、直接水洗
对于已经有包浆的金刚菩提，可直接水洗，将菩提子放入温水中浸泡，浸泡2-3个小时，直到杂质开始松动，用文玩清理水枪对其进行喷水处理。
4、水刷清洗
水刷和干刷的方法差不多，区别在于一切工序在水中进行。相对于干刷，水刷清理金刚菩提子会清晰的稍微快一些，效率高一些，比较省时间，并且脏东西在水中软化的更快更多。
5、远离油污
平时盘玩或者佩戴金刚菩提子的时候，最好要注意日常的保养，避免让其接触油污，还要远离洗发水、沐浴露、食醋等化学制品，否则会影响金刚菩提子的表面色泽。
