大肠菌群并非细菌学分类命名,而是卫生细菌领域的用语,它指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌,这些细菌在生化及血清学方面并非完全一致,其定义为:需氧及兼性厌氧、在37℃能分解乳糖产酸产气的革兰氏阴性无芽胚杆菌。一般认为该菌群细菌可包括大肠埃希氏菌、柠檬酸杆菌、产气克雷伯氏菌和阴沟肠杆菌等。
大肠菌群主要包括肠杆菌科中埃希氏菌属、柠檬酸杆菌属、克雷伯氏菌属和肠杆菌属。这些属的细菌均来自于人和温血动物的肠道,需氧与兼性厌氧,不形成芽孢;在35~37℃条件下,48 小时内能发酵乳糖声酸产气,革兰氏阴性。大肠菌群中以埃希氏菌属为主,埃希氏菌属俗称为典型大肠杆菌。大肠菌群都是直接或间接地来自人和温血动物的粪便。