一：水质污染
近年来，水质的污染，对中华鲟亲鱼的性腺发育、自然繁殖受精卵的孵化以及幼鲟的生长和发育均不利。受水质污染的影响，长江口幼鲟分布范围已明显缩小，如70年代以前，中华鲟幼鱼曾是杭州湾的四种主要捕捞对象之一，目前，该水域已难觅幼鲟踪迹。而长江口的幼鲟也因水质污染出现了肝癌病变。80年代后,中华鲟产卵群体中性别比例严重失调，雌、雄比已达到3：1甚至5：1，中华鲟雄性亲鱼精子活力逐年下降，也可能与长江水质污染有直接关系。
葛洲坝水利工程的建设也对中华鲟的生存环境造成影响。这项工程建设以前，产卵的中华鲟逆水而上一直到达金沙江，葛洲坝截断长江水道后，洄游的中华鲟只能到达坝下，产卵江段由原来的800公里缩减到7公里，产卵场数量由原来的16处减少到1-2处，产卵场面积也只有0.4平方公里，这使得产卵洄游的中华鲟数量锐减。
二：人为捕捞
中华鲟数量减少的另一个原因就是人为捕捞。1988年以后，中华鲟虽然被列为国家一级保护动物，但每年仍有相当数量的中华鲟被误捕和非法捕捞。仅宜昌江段，1986－1996年间，渔民误捕放流的中华鲟就达155尾，还有沿江的部分渔具对幼鲟资源的破坏也较严重。调查表明，1988－1992年间，仅在中华鲟幼鱼集中分布的长江口崇明岛东部滩头及其部分延伸浅滩，每年幼鲟的总误捕量为6350尾至7060尾。除此之外，中华鲟数量减少还因为初次性成熟年龄较高、重复繁殖间隔时间长、受精卵存活率低等自身及其它方面的原因，自身繁殖存活率低等方面的原因。
有关单位的调查资料记载：1981-1990年产卵洄游的中华鲟年平均为2079尾，1998年为680尾，1999年为601尾，2000年约343尾，2001年为257尾。统计资料表明，中华鲟资源急剧下降，而处于濒临灭绝的状态。
