猩球崛整个系列起主要分为3个故事。
猩球崛起1：为了能让身患老年痴呆症的父亲重回正常的生活，威尔·罗曼一直致力于名为“Cure”的基因药物的开发，并在大猩猩身上不断进行着药物试验。在公司已经失去信心的同时，威尔继续在家完成试验，并在一只名为凯撒的大猩猩身上获得成功。借助灵长类学家卡洛琳的帮助，威尔发现凯撒的智力极大地提高。不过，人类的社会始终无法接受拥有极高智力的凯撒，凯撒被送往了猩猩看护所。看护所的残酷对待，使得凯撒利用智慧进行抗争，最终救走了同时被囚禁的其他猩猩，而且对它们都使用了Cure。一群高智商的猩猩与人类对立的战争就此拉开。
2黎明之战：十年前，人类为自己的愚蠢付出惨痛代价，凶险致命的猿流感病毒蔓延全球，世界毁灭殆尽。而在毗邻旧金山的原始丛林，凯撒带领猩猩伙伴们建立起无忧无虑的王国，直到某一天，猩猩的家园的宁静再度被人类打破。在旧城苟延残喘的人类面临能源危机，他们试图利用森林腹地大坝的发电站提供能源。青年科学家马尔科姆试图说服聚集地负责人德里弗斯希望通过和平手段取得猩猩部落的信任和同意。然而凯撒的好盟友科巴却无法摒除对人类的憎恨，他尝试着挑战者凯撒的权威。，人类和猩猩，双方小心翼翼试探，而战争在所难免……
3终极之战：凯撒领导的猿族将被迫与残暴的Colonel领导的人类军队上演一场生死大战。猿族在战斗中遭遇了前所未有的重创，由此激发了凯撒内心中黑暗的一面，心中燃起复仇的烈火。最终，凯撒与Colonel面对面进行了一场关乎猿族和人类命运的终极之战。
