朱元璋鉴于北元的威胁,也曾多次对北方用兵。
洪武三年,朱元璋以徐达为征虏大将军,再次大败北元大将王保保,俘虏北元官员近2000人。此时元顺帝已经驾崩,太子爱猷识理达腊率领残余势力退往和林。经此一战,北元的实力大损,势力全面北缩。洪武五年,朱元璋再次起大军十五万,分兵三路,出击漠北。这次用兵,虽然明军兵力雄厚,但是并没有取得多大的战果,只有西路军获胜。此次战役之后,朱元璋改变了对北元的策略,主要以防守为主,北元和明朝开始了一段相对和平的对峙时期。洪武二十年(1378),朱元璋又任命冯胜为大将军,率军征讨北元,收回了辽东地区,迫使北元西撤。次年,蓝玉又奉旨率军十万,追击北元残余势力,元主脱古思帖木儿西逃,后被部将所杀。元主死后,北元陷入混乱之中。建文三年(1401年),鬼力赤杀掉了北元最后一位君主坤帖木儿,自立为汗,废除北元国号,该称鞑靼,北元至此灭亡。