用em菌制作有机肥的方法是：
1） 发酵原料：如谷糠、杂草、人、畜、禽粪便、作物秸秆（切碎）、茎叶、锯末木屑、食用菌基质残渣和饼粕等。
2） 工具：搅拌机；发酵池；塑料薄膜；粉碎机（普通农用型）；铁锹。
3） 发酵菌：em菌液
4） 配比：谷糠、杂草、人、畜、禽粪便、作物秸秆（切碎）、茎叶、锯末木屑、食用菌基质残渣和饼粕等。200公斤材料 ：em菌液1公斤
5） 操作规程：
① 将发酵原料按配比准备200公斤，此为发酵原料待用；
② 将1公斤em菌液倒入50公斤水中稀释搅拌均匀，稀释用水最好为井水或河水，若为自来水请放置24小时后再用；能够适当的溶解一些红糖在里面效果更佳。
③ 可以先将发酵原料混合搅拌2分钟后，再倒入发酵剂稀释液搅拌6分钟；然后再将搅拌好的少量发酵原料倒入剩余发酵原料中搅拌均匀，直到没有团块；（注意：视发酵原料干湿程度增减稀释用水水量，稀释的菌液用水应是发酵原料的40%左右，拌成以手握成团，指缝见水但不滴水珠，松手即散为好）
④ 将混合后的发酵原料放入塑料容器或水泥池（或者土坑垫塑料薄膜）中，最后装满压实，排去空气后用塑料薄膜密封，一定要完全密闭，适宜温度为25-35℃，发酵5-10天（一般夏4天，春秋7天，冬10天）。
