下辖山东、安徽、江苏、浙江、江西、福建、厦门、青岛、宁波、温州等十个空管分局(站)。
根据民航地区行政机构的主要职能,民航华东地区管理局设置19个职能机构、3个党群工作机构和1个离退休干部工作机构。主要有办公室、航空安全办公室、政策法规处、计划统计处、财务处、人事科教处、运输管理处、通用航空处、飞行标准处、、外国航空公司审定和监管处、航空卫生处、航务管理处、适航维修处、适航审定处、、机场管理处、空中交通管制处、通信导航监视处、航空气象处、公安局、党委办公室、工会办公室、纪检监察处、离退休干部处等机构。