黑死病(即鼠疫)14世纪中(中国元朝末年)横扫欧洲,估计30 ~ 50%的人因而丧命。以后三百年,黑死病反覆侵袭欧洲,疫情依旧惨重。例如1604年,英格兰约克市一年内丧失了1/4的人口。不过,根据古DNA的证据,黑死病史上第一次现身是西元6世纪君士坦丁堡的查士丁尼大疫。
现在丹麦的古DNA专家在欧洲史前人骨上找到了现代鼠疫桿菌(Yersinia pestis,又译耶氏桿菌) 的祖先,那些人骨分别出土于新石器时代晚期、铜器时代、铁器时代的遗址,距今5,000 ~ 2,800年前。专家估计,五千年前鼠疫已是欧亚大陆上的风土病,只不过那时鼠疫桿菌还没有演化出那么强的毒性。
研究人员发现,直到951 BC(西周时代),鼠疫桿菌才获得基因ymt,得以在跳蚤肠道中生存。跳蚤使鼠疫桿菌更容易在温血动物中传播