冰间湖的形成原因可以分成两种,绝大多数冰间湖由两种机制共同作用而形成。第一种是海冰在风或海流作用下产生的(学术上称作潜热型冰间湖,Latent-heat polynyas)。南极冬天盛行下降风,强风由高海拔南极内陆吹向低海拔边缘区,因此在冰架边缘形成的浮冰会被风推到外海,从而在南极大陆边缘和外海海冰之间形成了近岸冰间湖。
另一种是通过上升流、垂向混合和深海对流将海洋热量输送至表层,阻止海冰的凝结或加强海冰的融化而形成(学术上称作显热型冰间湖,sensible-heat polynyas)。此类冰间湖比较少见。