《刺客信条》每一部作品的剧情之间的关系如下:
首先,刺客信条的主题便是刺客对圣殿骑士。
一代的背景便是红十字军东征,其中圣殿骑士搞鬼,而刺客们去阻止他们的阴谋。
二代则是在文艺复兴的意大利,同是圣殿骑士的人阴谋杀害了主角E叔的家人,E叔起初是为了复仇,但渐渐的才发现这是一个很深的故事,便加入了刺客兄弟会,开始了对圣殿骑士的对抗之旅,(在这我不得不纠正很多人的一个误区,刺客信条三部分别为:刺客信条1,刺客信条2,刺客信条2:兄弟会,刺客信条2:启示录,刺客信条3,并不是启示录就是3代这种说法),兄弟会作为中年时代的E叔对抗圣殿骑士的故事,而启示录则是老年的E叔故事。
三代则是美国独立战争时期,圣殿骑士联合英国扼杀自由起义,而康师傅暗中帮忙的故事