1.DNA片段长度多态性
DNA片段长度多态性（FLP），即由于单个碱基的缺失、重复和插入所引起限制性内切酶位点的变化，而导致DNA片段长度的变化。又称限制性片段长度多态性，这是一类比较普遍的多态性。
2.DNA重复序列多态性
DNA重复序列的多态性（RSP），特别是短串联重复序列，如小卫星DNA和微卫星DNA，主要表现于重复序列拷贝数的变异。小卫星（minisatellite）DNA由15~65bp的基本单位串联而成，总长通常不超过20kb，重复次数在人群中是高度变异的。这种可变数目串联重复序列（VNTR）决定了小卫星DNA长度的多态性。微卫星（microsatellite）DNA的基本序列只有1~8bp，而且通常只重复10~60次。
3.单核苷酸多态性
单核苷酸多态性（SNP），即分散的单个碱基的不同，基因组中单核苷酸的缺失,插入与重复序列不属于SNP，但更多的是单个碱基的置换，在CG序列上频繁出现。这是目前倍受关注的一类多态性。
SNP通常是一种双等位基因的（biallelic），或二态的变异。SNP大多数为转换，作为一种碱基的替换，在基因组中数量巨大，分布频密，而且其检测易于自动化和批量化，因而被认为是新一代的遗传标记。
