苦瓜的系统整枝方法如下：
一、上架前引蔓
当苦瓜的瓜蔓长到大约有40公分左右时，就需要及时打搭“人”字架或绑绳吊蔓，以此来牵引茎蔓尽快上架结瓜，可以用尼龙绳等绑缠茎蔓的中下部（以防折断幼嫩茎蔓），然后吊绳绑掉在定植畦上方大约2米高的铁丝或棚架上。
需要注意的是，吊蔓上架时，要注意使每行的主蔓统一方向，使主蔓直线向上且使叶片均匀分布，这样可以最大化的利用空间与光照；同时，在吊蔓时，要注意适当除去30公分以下的侧蔓。
二、上架后整枝
1、整蔓、除花、摘心
当苦瓜主蔓上架后，进行打顶摘心，同时选留2-3个长势健壮的侧蔓做结瓜蔓，侧蔓结坐住瓜后保留瓜前2片叶进行摘心，侧蔓上的瓜采收后要把侧蔓剪除掉，以此促使萌发新的结瓜枝蔓。
此外，对于茎蔓上新长出的密生蔓、病虫蔓、细弱蔓、无瓜蔓以及多余的卷须要及时剪除掉，以此来减少养分无效消耗、降低遮光影响，以便为苦瓜开花结果提供充足的养分供应和良好的通风透光环境。
需要注意的是，当结瓜蔓的侧面上长出两个雌花时，应当保留发育饱满健壮的雌花，去除掉另外一个发育质量较差的一朵。
2、摘叶
当苦瓜进入到大量结瓜的中后期时，为了预防无效茎蔓叶过度生长而影响坐瓜和膨瓜，应当及时把植株中下部的老黄病残叶、铁丝下方不结瓜的枝蔓、上方无花无瓜的枝蔓、植株上的病虫害果和畸形果等全部进行剪除。
