1.八里台校区:南开大学八里台校区(校本部)以传统优势学科为主,有商学院、经济学院、文学院、化学院、数学院、物理学院、外国语学院、经济学院、生命科学学院、日本研究院共10个学院,占地122.50万平方米。
2.津南校区,津南校区以新兴、交叉、应用学科为主,有周恩来政府管理学院、旅游与服务学院、医学院、药学院、法学院、汉语言文化学院、哲学院、历史学院、计算机与控制学院、电子信息与光学工程学院、材料科学与工程学院、金融学院、软件学院和环境与工程学院共14个学院。
3.泰达校区:承担南开大学部分理工科专业研究生的培养任务,设有泰达应用物理研究院、泰达生物技术研究院2个研究院。
截至2018年5月,南开大学为“一校三区”形式,即“西有八里台校区,中有津南校区,东有泰达校区”这一互为依托,交相呼应的布局。