区别一：985/211侧重对大学的评定，“双一流”侧重对学科的评定
无论是“985工程”的39所大学（含国防科技大学）还是“211工程”的100多所大学，都是基于对学校综合实力的整体评价。尽管之前也有国家重点一级学科和二级学科的评定，但社会对一所大学的整体认知，还是只看“牌子”不看学科，影响并不大。
而“一流大学建设高校”和“一流学科建设高校”，则是先有“一流学科建设高校”名单（137所），再在此基础上选出“一流大学建设高校”（42所）。也就是说，先看一所大学有没有若干个很强的学科（专业），再主要根据学科综合实力来评定一所大学的强弱。
区别二：985是211的“升级版”（211包含985），“双一流”则不存在交叉
如果说211是重点班，985就是重点班里的重点班。“985工程”大学均为教育部或其他中央部委直管，也称部属高校；除985外的“211工程”大学则多为省部共建高校，地方属性更强一些。但985大学都是211大学。
“双一流”则是两个平行的评价体系。“一流大学建设高校”重在一流学科基础上的学校整体建设、重点建设，全面提升人才培养水平和创新能力，共计42所，在原来39所985大学基础上新增3所。
“一流学科建设高校”重在优势学科建设，促进特色发展，共计95所。除了之前的大部分“非985”211大学，主要增加的特色明显的高校：
区别三：985/211是固化的标签，“双一流”则是有进有出
双一流计划最根本性的不同是以学科为资助主体，且并不设终身制，每5年调整一次名单。
而“985”“211”是以学校为资助主体，名单形同“终身制”，据2009年至2013年的数据显示，“211”和“985”高校拿走了全国七成的政府科研经费。
