喜马拉雅山脉南北两侧气候迥异。山南气候暖热湿润。如墨脱（海拔1130米）和樟木(2300米)两地，最热月均温分别达22.1℃和17.3℃，年降水量分别为2300毫米和2800毫米，位于山麓的巴昔卡（157米）的年降水量则超过4400毫米。山北温凉干燥，一般最热月均温多低于10℃,年降水量少于400毫米。气候垂直变化明显。南北两坡的地形、水文、生物、土壤及农业生产差异均大。以喜马拉雅山脉东段为例，南坡地势险峻，河网密，流水侵蚀强，原始森林葱郁，植物种类丰富，森林土壤多样。山地垂直带是：
①海拔1100米以下的低山丘陵为热带雨林和委雨林－砖红壤性土壤带。②1100～2300米为山地亚热带常绿阔叶林-黄壤带。③2300～2900米为山地暖温带针阔叶混交林－黄棕壤和棕壤带。④2900～4100米（森林上限）为山地寒温带云、冷杉暗针叶林-暗棕壤和漂灰土带。 ⑤森林上限～4400米为亚高山寒带杜鹃、山柳等灌丛和高山嵩草草甸－亚高山灌丛土和高山草甸土带。⑥4400～4800米(雪线)为地衣、苔藓与座垫植物等组成的高山冰缘稀疏植被－寒冻土带，雪线以上为高山永久冰雪带。垂直自然带属海洋性湿润型系统。种植上限不超过4000米。在山麓谷地内可种植水稻、鸡爪谷、玉米与小麦等多种作物，一年两至三熟。可种茶树、甘蔗、甘橘与香蕉等。密林中常见麂、麝、黑熊、猴、小熊猫、各种毒蛇和羽毛鲜艳的鸟禽等。北坡地势相对和缓开阔，海拔一般在4000米以上，气候寒冷干燥。湖盆与宽谷地形发育,河流稀少,干旱剥蚀较强，森林面积骤减，除东部河谷地区有森林分布外，海拔5000米（高山草甸带下限）以下多为紫花针茅等禾本科植物组成高山草原带。海拔4000米以下较温暖的河上游与中游宽谷则为山地灌丛草原带，属草原土壤类型。垂直自然带属大陆性半干旱型系统。大部分地区为天然牧场,仅沿河沃土辟为耕地,可种植青稞、小麦、油菜和豌豆等作物，一年一熟。最高种植上限在聂拉木附近海拔4760米处，有野牦牛、藏原羚、旱獭、鼠兔和狐等野生动物。 喜马拉雅山脉东湿西干，西段（东经85°、吉隆一带以西）的山麓地带已无热带森林，并在干燥河谷中出现长叶松、长叶云杉及霸王鞭类浆质刺灌丛。
