一是主题词主要用在公文的归档管理和查询检索再利用等环节，公文办理过程中不需要主题词。在公文起草时标注主题词增加了公文制作人员的工作量。
二是主题词标引存在固有的局限性。由于个人的理解和认识差异，对同一个公文，人工标引的主题词可能存在很大差异。
三是信息检索和全文检索技术已经得到快速发展，现在已经出现了自动标引技术，即便在纸质公文中不标引主题词，在将公文数字化后，信息系统也可以自动标引关键词，同样实现对公文的信息化管理和高效便捷利用
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