穆斯林不仅在科学的认知和实践上作出了突出的贡献，对被视为“伪科学”的“秘术”，他们也曾换而不舍地予以探索。伊斯兰教的“秘术”主要包括炼金术、相术和占卜（如泥土占卜）等。它们之所以被归类为“伪科学”，是因为它们使用的是神秘的象征语言。炼金术是最主要的秘术，而传统的炼金术实际上是一种看待事物的完整方式，既包括对·宇宙的看法，这一般与冶金术有关；又包含对灵魂的认识，这往往涉及精神心理疗法。所以炼金术一度又被认为是一种科学和一种方法。炼金术以“相互兼容”的理论为基础，认为万物的存在方式是“你中有我，我中有你”，所以，一事物与它事物是可以相互转换的，不光是事物的一般属性可以转换，本性也可以改变。所谓炼金术，是指在一种以点金石为象征的精神力量面前改变物质的形态和性质的一种秘术，但物质改变的前提是人的内在精神的转变。从表面上看，炼金术与物质世界，特别是与矿物和金属密切相关，可以说化学的发展史离不开炼金术；但从本质上讲，炼金术并非原始化学，亦非纯粹的心理学，它是利用炼金术过程中形成的矿物金属等物质的变化，来促进人的灵魂的转变。
伊斯兰炼金术体现了一种关于本质的哲学，它与古希腊赫尔墨斯神智学的一般哲理，与关于矿物和金属转变成金的特殊原理都有密切的关系。这种关于本质哲学的理论是以亚里土多德的形式质料说为基础，认为宇宙万物来源于四种原质和四种原素。四种原质分别为热、冷、干、湿，四种原素为水、土、气、火。四种原质通过相互转换，结合为两种本原，即硫和录。不过，这里所说的硫和汞并非通常意义的矿物质，其含义类似于中国传统哲学思想中的阴阳，二者结合乃有宇宙万物。譬如，按照炼金术的理论，硫和汞两种本原以不同比例相融合，在某种神秘因素作用下，便可产生各种不同的金属矿物。这四种原质、四种原素和二种本原的相互关系.
伊斯兰教历史上，穆斯林学者对炼金术的效能曾长期争论不休，褒贬不一。正统的宗教学者大多反对炼金术和一般的秘术，而多数自然皙学科学家和医生，尽管他们也不相信一般金属能变成黄金，却接受了炼金术的基本观点；亚里土多德学派一般也都蔑视炼金术，而照明学派则持肯定态度。如伊本·西那就曾明确表示，他不相信炼金术上能把普通金属变为黄金，然而他却赞同炼金术关于金属构成的理论，他的名著《治疗书》中关于金属构成的学说，便是以炼金术的硫汞融合的理论为基础。
伊斯兰炼金术继承了古代东方的炼金术传统，主要是以亚力山大为中心的赫尔墨斯神智学和中国的炼金术。穆斯林最早的炼金术上是倭麦亚王子哈立德·伊本·叶基德。8世纪初，炼金术甚为流行，其代表人物是贾比尔·伊本·哈扬（721－776），他是十叶派六世伊玛目贾法尔·萨迪克（699—765）的弟子，其著作被伊斯玛仪派奉为经典。贾比尔的《七十本书》和《平衡书》，一直被视为伊斯兰炼金术的基础理论著作，是用阿拉伯文写成的关于炼金术最重要的文献。著名的穆斯林医生兼炼金术上拉齐，开创了炼金术的新时代。他被誉为将炼金术发展为古代化学的奠基人。拉齐对化学的重要贡献，在于他对物质的分类，即将所有物质分为矿物、植物和动物三大类。他还曾对很多化学变化过程，如蒸馏、缓烧、过滤等作过详细的描述。作为一名医生，他对化学医学也很有兴趣。传统医学史上，他是将酒精分离出来并用于医疗实践的第一人。
炼金术与苏非神秘主义关系更为密切。苏非神秘主义提倡信仰者个体精神上的修炼，放对有改变人的灵魂功效的炼金术格外重视，苏非主义表述这方面教义的很多术语都直接来自炼金术。时至今日，不仅炼金术的语言在苏非信徒中仍广为流行，在某些苏非教团中还盛行炼金术活动。此外，苏非主义所采用的精神心理疗法，与炼金术也有密切关系，这种疗法将炼金术视为一种关于灵魂的科学。
炼金术与伊斯兰艺术的关系也非同一般，传统、的穆斯林诗歌和音乐，不仅深受苏非神秘主义的影响，还与炼金术观点融汇贯通。这是因为据说炼金术可对人的灵魂产生影响，使其发生转变，而诗歌与音乐等艺术则与人的灵魂转变关系密切。此外，在伊斯兰建筑和工艺制品的造型艺术中，如书法和几”何图案的表现形式，都离不开和谐，炼金术所讲的“平衡”、“协调”，在色彩的和谐、结构的匀称及其象征意义方面起着一种特殊的作用。所以，如果不了解炼金术对色彩效果、艺术造型等美学思想的影响，就无法欣赏帖木尔时代的清真寺建筑和萨法维时代的地毯、壁毯等艺术精品。炼金术是联接伊斯兰艺术的工艺技术与宗教精神和象征意义的桥梁，也是理解伊斯兰艺术内韵的一把钥匙。
