复式发酵床分地上式和地下式两种，地下式发酵床要先挖坑，深90厘米，坑挖好后将有机垫料放入，地上式要铺成高100厘米左右。
铺垫复式发酵床的顺序是：先将锯末、土、微生物原种一层层铺好，喷上盐水和营养液，当填料至50%时，开始调节水分，使之达到60%～65%。猪圈垫料填满后，放猪饲养。2～3个月后，复式发酵床底层成为自然繁殖状态，中部形成白色的菌体，其温度达到40～50℃，猪粪发酵后成为猪的饲料。
构建微生物复式发酵床猪舍时，需要考虑六个因素：
（1）饲养密度要恰当，一般以每头猪占地1.2～1.5米2为宜，小猪可适当增加饲养密度。
（2）复式发酵床床面要保持一定的湿度，使之经常保持在60%左右，如水分过多应打开通风门排湿；如过于干燥，可通过定期喷洒活性剂进行调节。
（3）生猪入圈前要先驱虫，防止将寄生虫带入复式发酵床，使猪重复感染发病。
（4）要密切注意土壤微生物菌的活性，及时补充微生物原种和营养液；每批猪出栏时，菌床一般要降低10厘米左右，应及时补充填料。
（5）饲料投喂，不可过量，每次投喂量应控制在正常量的80%，以利于猪拱翻地面，粪尿成堆时，可挖坑掩埋。
（6）猪舍内禁止使用化学药品，防止伤害土壤微生物，影响微生物活性。
优良的复式发酵菌床可以连续使用5年左右，不用清理，猪粪只需每天翻埋一次。
