1.露地保护性越冬。储藏佛手瓜块根的适宜温度为8-10℃，温度超过12℃以上，就会发芽，温度低于5℃，就有受冻的危险。想要佛手瓜能够在露地越冬，华南地区的种植户一般选择减掉根茎距离10厘米以上的地上部分，上面覆盖一层20-30厘米厚的腐熟农家肥、稻草、秸秆、草木灰、泥土或者地膜，就可以安全越冬，冬季温度在8℃以上的地区就不需要地面覆盖，只需要砍掉地上部分，浇一次水以后，进行松土即可。
老根越冬期间，切忌积水，也不能让土壤过分干旱。如果土壤干旱，可以在温度较高时浇一次水，水量不宜过大，确保土壤疏松和地面干燥。
2.利用大棚保护佛手瓜越冬。在长江中下游地区，种植者可以利用塑料小拱棚进行覆盖，寒冷季节加盖草帘，保持棚内不结冰就可以安全越冬。北方地区可以将佛手瓜种植在大棚的角落里，出苗以后搭设棚架栽培。秋季温度降低以后，直接剪去地上茎蔓，佛手瓜老根就保留在大棚内部，不影响大棚蔬菜的正常生长，老根几乎不需要处理就可以正常越冬。
保温温室可以一年四季生产佛手瓜，在冬季也可以正常生长，不存在越冬问题。
3.直接挖出块根，挖坑或者室内沙藏。如果没有大棚，北方地区无法保持老根正常越冬，唯一的办法就是在秋季温度降低到12℃以下时采收块根，晾干水分以后放进有火炉、地暖或者加温设施的室内，用潮湿的细沙储藏。如果块根有伤口，可以涂抹石灰或者草木灰，等待伤口愈合以后进行储藏。在长江流域，可以挖一个1米以上的深坑，将佛手瓜块根和潮湿的细沙分层放在里面进行储藏，但不能将块根放进红薯窖里面，因为红薯窖的温度通常保持在10-15℃之间，佛手瓜块根会在储藏期间发芽。
