限制酶切点都在基因的非编码区吗 如果是 那限制酶切的序列会不会是启动子的序列呢（限制酶切点和切割位点有什么区别）

这个概念和你想象的不一样。

你可以找一个序列分析软件，例如DNA Star等，将你的DNA序列放进去，就会搜出所有的酶切位点。基本上很多位置都会有不同的酶切位点，如果在非编码区有某一种限制性内切酶的酶切位点，而你又刚好要使用这个酶的话，就有可能会切到启动子。但是通常，大家在分析了酶切位点后，都会避开在目标序列范围内带有的限制性内切酶，选用其他不会在此处切开的酶。而启动子序列有各种不同的组成，有可能一部分是有酶切位点的部分序列，但是不能肯定。因为如果是未知的启动子，你通过软件去预测的话，是拿不到准确的序列的。