农讲所旧址始建于1370年，原为番禺学宫，明清时期是培养儒家生员和祭祀孔子以及先贤名儒的所在地，也是广州城区现存的唯一学宫。
1924年6月30日，国民党中央执行委员会第39次会议决定接受林伯渠、彭湃等人的提议，在广州创办农民运动讲习所。
1926年，毛泽东在此主办第六届农民运动讲习所，周恩来、彭湃、恽代英、萧楚女、李立三、阮啸仙、张秋人等21位有较高理论素养和丰富实践经验的共产党员和国民党左派人士担任教员。来自全国20个省区的学员，在这里学习农民运动的理论与方法，接受严格的军事训练，参加革命斗争。
从1924年7月至1926年9月，广州农民运动讲习所共举办了六届。其中，第六届共培养了800多名农民运动骨干，他们毕业后奔赴全国各地，宣传农运理论，发展党的组织，成立农民协会，推动全国农民运动发展。在中国革命的峥嵘岁月里，农讲所教员和学员不畏牺牲，英勇奋斗，燃起革命的星星之火。
后来，农民运动讲习所学员依据广州办学模式在湖南、江西、湖北、广西等地创办地方性农讲所，故广州农民运动讲习所被称为“中国农讲所的母校”。
1953年，毛泽东同志主办农民运动讲习所旧址纪念馆建立，周恩来亲笔手书纪念馆馆名。1961年，它被列为第一批全国重点文物保护单位。
