昴先生知道柯南是新一吗（昴先生知道柯南的真实身份）

知道。

赤井秀一是见过小时候的新一，加上那药的副作用也是知道的，后面在破解工藤优作放弃的案子时，自己的一个提示立刻让柯南暴露了。