卡罗拉关于手自一体的手动模式使用，首先踩住刹车将档位向下拉挂入“D”档，然后向左推动档杆挂到“M”挡，此时即挂入手动模式，当需要增减档位时，在此基础上向前推动档杆+为升1档，向后拉-为降1档。注意，当车速及发动机转速不到要求时是升不上挡位的，驾驶员的每一步操作要经过变速箱控制单元的允许。手动模式下车速低了，变速箱会主动降档但是不会主动升档。向左回拨恢复自动模式，手动和自动可以随时切换，无需刹车，油门也可以不松。
使用手自一体变速器的手动换挡模式，对车对人都是一件好事——车辆的燃油经济性会有所改善，驾驶员也能收获更爽快的驾驶体验；更重要的是，在手动模式下驾驶，安全系数会比自动模式时更高。手自一体变速器的手动升挡操作和手动变速箱是一个道理，即根据发动机的转速，来决定升挡时机。
卡罗拉手自一体和手动档换挡逻辑相同，超车之前，如果变速器处于高挡位，我们首先要做的是降挡，而不是继续深踩油门。利用变速器的手动模式迅速降挡，车辆就能借助低挡位的高扭矩瞬间提速，更快地完成超车动作。这里说的降挡，并非每次超车前都一定要降至3挡以内的低挡位，而是在当前挡位上降低一挡，保持发动机转速在2500rpm左右，便能获得提速所需的足够动力。
