审核的基本方法是抽样，但在审核过程中如何抽取文件资料样本、设备型号、工具编号、查证记录、发现问题和获取客观证据，则需根据实际情况和所掌握的审核技术来选择适宜的方法（实际上，这在编制审检表时就应考虑好）。下面介绍常用的审核方法。
(1)按操作流程自上而下或自下而上的审核方法
按操作流程是指按生产流程的顺序依次进行审核的方法。它包括自上而下即自原材料生产至最终产品产出，或自下而上即自最终产品产出逆向而上到原材料生产两种方法。 (2)按要素审核的方法
按要素审核是指以要素为中心，对该要素所涉及的部门皆进行审核，这往往出现这样局面：一个要素涉及多个部门，要到不同部门去审核才能完成此要素的审核；一个部门涉及有多个要素要求，则需接受多次重复审核才能最终完成受审任务。
(3)按部门审核的方法
按部门审核是指以部门为中心，对该部门所有活动和所涉及的要素一次审核清楚，不再反复去该部门调查，然后按要素把该部门审核的结果汇总起来，得出该部门的审核结论。
(4)顺藤摸瓜审核方法
这种方法是以问题线索为主导，深入追查或核实。审核员先到信息集中的部门进行审核，根据这一部门的有关信息发现体系中可能存在的问题，并就某些信息的落实和实施情况到有关部门进行核查。有时问题线索会超出核查表范围甚至某个审核员的分工范围，这种情况下，不妨改变计划紧追不舍或通知其他审核员就发现的问题继续核查。
(5)现场扫描审核方法
现场扫描是以全面观察现场现象为主的审核方法。这种方法是审核员到作业现场后，先对作业现场概况进行扫描，然后抽取一定的样本进行核查。标准的一些要素的要求，如运行控制、检查与纠正措施等，只有通过现场扫描，才能获得客观证据，得出准确结论。
一、关联共证法。即审核证据与待证事实的关联程度，集有用证据共同证明案件事实。一般从以下三个方面审核判断：①分析判断证据与待证事实有无客观联系。凡是与案件事实无关的证据材料，先行剔除。②分析判断证据与案件事实之间关联的性质，是因果联系还是非因果联系；是必然联系还是偶然联系；是直接联系还是间接联系等。联系的性质不同，证明力也就不同，一般前者证明力较大。③多层面解读实物证据，全面细致地把握其蕴含的信息，通过辨认、鉴定等方式，把实物关联到人、到案。如受贿案件中，在被调查人处搜查收集的贵重礼品，未经过行贿、受贿双方辨认，不得作为定案的物证。
二、印证求同法。即审核证据之间能否相互印证，以判断其是否真实。孤证不能定案是基本证据规则，对待证事实在满足有2个以上证据证明的基础上，还需要通过对比不同的证据，用印证来检验各证据的客观真实性。如一起党员干部工作日午间饮酒违纪案中，6名党员干部在某餐厅聚餐共饮白酒。其中，甲否认自己饮酒，而同餐人乙、丙、丁均证明甲饮用了白酒，且饭店服务人员也证实甲饮了酒。乙、丙、丁的证言与饭店服务人员的证言一致，相互印证，检验出甲陈述失真，不足采信。
三、矛盾除异法。即审核证据所反映的信息差异与冲突，发现证据自身的矛盾、证据间的矛盾和证据与事实的矛盾等，从而有效地排除矛盾，或者合理地解释矛盾。证据自身存在无法解释的矛盾，或者证据与待证事实以及其他证据存在无法排除的矛盾的，不得作为定案根据。如吕某受贿案中，吕某交代曾收受行贿人送的一张面额3000元的某超市购物卡，行贿人也作了相同交代。虽然行受贿双方供述一致，但实际上该超市从未发售过3000元面额的购物卡种，双方供述的内容明显与事实不符，因此，法院判决中排除了该笔3000元事实的认定。又如，在勘验、检查、搜查过程中提取、扣押的物证、书证，未附笔录或者清单，存在不能证明物证、书证来源的矛盾，应该排除；如果相关笔录或者扣押清单上没有调查人员、物品持有人、见证人签名，或者对物品的名称、特征、数量、质量等注明不详的，则可以补正，能作出合理解释的，可以采用。
