一、技术不同
1、克隆
克隆是指生物体通过体细胞进行的无性繁殖，以及由无性繁殖形成的基因型完全相同的后代个体组成的种群。通常是利用生物技术由无性生殖产生与原个体有完全相同基因的个体或种群。
2、转基因
转基因技术是指利用DNA重组、转化等技术将特定的外源目的基因转移到受体生物中，并使之产生可预期的、定向的遗传改变。转基因技术是现代农业生物技术的核心组成部分。
二、分类不同
1、克隆
1）由同一个祖先细胞分裂繁殖而形成的纯细胞系（每个基因彼此相同）。
2）先将含有遗传物质的供体细胞的核移植到去除了细胞核的受体卵细胞中，利用微电流刺激等使两者融合为一体。（与提供细胞者基因相同）
2、转基因
1）植物转基因技术
植物转基因技术是采用克隆等方式，在受体细胞中置人外源DNA，代表性的使用方式如载体介导法、DNA直接摄取法。
2）动物转基因技术
显微注射法就是利用玻璃针将DNA注入到动物胚胎细胞核，再将DNA移植到动物体，使其正常发育，是早期常用的动物转基因技术。
三、应用不同
1、克隆
（1）培育优良畜种和生产实验动物。
（2）生产转基因动物。
（3）生产人胚胎干细胞用于细胞和组织替代疗法。
（4）复制濒危的动物物种，保存和传播动物物种资源，维持生态平衡。
2、转基因
（1）医学上
医学中转基因技术的应用范围很广。动物转基因技术可以创造诊断和治疗人类疾病的动物模型，可克服单纯依靠自然突变体的局限。
（2）农业上
转基因生物技术可以加快农作物的生长速度、增强抗病性、增加产量、增强对环境的适应能力、增强抵抗除草剂和杀虫剂的能力。目前全世界进入田间试验的转基因植物已超过500种，但国内转基因食品的范围还比较小。
