是因为有一半的水在西半部是由中国的伊犁河注入的，伊犁河是淡水河，所以西半部是淡水。而东半部，则是没有大河的注入，但是因为天气干燥蒸发量比较大，含盐量也就大大增加了。东半部和西半部因为含盐量的不同，也不会互相交融，所以这才造成了东咸西淡这般神奇的局面。
巴尔喀什湖以南的地方是伊犁河的流域，那个地方是水草肥美的天然的牧场，十分适合放牧业，也是游牧民族的栖息之地。毕竟这么优美的草原，游牧人民又怎么会放过呢？历史上的大月氏人、乌孙人、康居人、大宛等人都曾经在这环境优美的地方居住过。
还有就是在湖的北岸则是干旱的草原地带和半荒漠化的盆地。就是因为巴尔喀什湖的阻挡，中原王朝每当扩张到这的时候就没有办法了，驻足不前，这就使得巴尔喀什湖成为了一个华夏文明和中亚文明的天然的地理屏障。就这样断断续续的持续到了13世纪，如暴风般崛起的蒙古人才打破了这个屏障。当时的蒙古人也十分的强悍的。
蒙古的崛起打破了这一个传统的界限，随着技术的进步，人类的进步。巴尔喀什湖也不再是一个无法逾越的地理障碍，很多相邻国家都想着能够越过这个湖，占领湖边其它地方。一开始是蒙古，蒙古的铁骑来到了巴尔喀什湖，占领了这个美丽而又神奇的地方。但是蒙古在此地的统治也是十分短暂的，满清王朝也曾经把它作为自己边界，但是后来俄罗斯的到来，一切都变了，贪婪的俄国人翻过了乌拉尔山之后就开始无情的占领他们看到的每一寸土地，当时满清的很多地方也被他们占领。
到了十九世纪中叶，包括巴尔喀什湖在内的整个中亚地区都向沙皇表示臣服，从这以后，他们又签订了《勘分西北约记》的条约，表示巴尔喀什湖就属于俄国的境内，而事实上这个边境位置已经不在中国的管理范围内了。
