1939年,戴笠用重金将它买下,改造为迫害革命者的监狱。1943年“中美特种技术合作所”成立,白公馆作为中美合作所第三招待所,关押人员被移往附近的渣滓洞。
抗战胜利后,白公馆作为特别看守所关押周佛海等大汉奸。1946年底,渣滓洞看守所关闭,关押人员全部迁回白公馆,直属由军统局改组后的保密局管理。此外,重庆行辕第二看守所有20多人寄押于此。1949年11月27日,军统特务对关押在此的革命者进行大屠杀,近30人遇难。一人在刑场身中数枪未死,侥幸逃生;19人在看守帮助下越狱脱险。
白公馆是解放战争即将胜利之时国民党关押政治犯的监狱,在重庆解放前夕,这些革命志士被疯狂屠杀。