种子采收是种子生产的关键环节，特别是对于机械化采收，必须确定一个最佳时期，如果采收过早，后期种子的成熟度不够，影响种子质量，如果采收过晚，早期种子就会很容易散落，从而影响种子的产量。对于机械采收，一般在主薹花序变成褐色，一级侧枝花序开始转变成褐色时进行，或者一级侧枝花序变成褐色，二级侧枝花序开始转变成褐色时进行。目前，国内生产基地通常采用人工采收，而且可以分批采收。胡萝卜种子人工采收最佳时期是种子完全转色，一般是花序第一朵小花开放之后50～55天才能完成，但不同品种或气候条件，种子成熟期会有差异。
由于胡萝卜花序和种子的特殊性，机械化采收时需要采用专门采收机器，主要在于如何将种子从花序上脱落，并与杂质分离。一般采用机动采收机，首先将切下花序，运到一个大的旋转鞭打容器中，将种子与花序分离。通过风扇和筛子将种子与杂质分开，种子进入收集容器中，杂质返回到地里。国内主要采用人工采收方法，首先将成熟花序剪下并晾干，采用胡萝卜脱扬机将种子从花序上脱落，通过网筛将花序、花梗去掉。由于胡萝卜种子带有刺毛，容易相互粘在一起，影响后期包装、播种等，并极易吸潮，影响其贮藏寿命，必须将其除去，可采用专门的搓毛机进行处理。
种子精选是非常重要过程，不仅可以提高种子质量、净度，适合一些地区机械化播种要求，而且可以提高其商品价格。主要采用大型的风选机或比重机，有时可两者结合，这样可以将不同大小种子区分开。目前国外多数种子公司还采用包衣，可以防治种子自身病原菌以及早期的病害。
