1.形态特征不同
九节菖蒲，多年生草本。根茎芳香，粗2-5毫米，外部淡褐色，节间长3-5毫米，根肉质，具多数须根，根茎上部分枝甚密，植株因而成丛生状，分枝常被纤维状宿存叶基。叶无柄，叶片薄，基部两侧膜质叶鞘宽可达5毫米，上延几达叶片中部，渐狭，脱落;叶片暗绿色，线形，基部对折，中部以上平展，宽7-13毫米，先端渐狭，无中肋，平行脉多数，稍隆起。花序柄腋生，三棱形。叶状佛焰苞，为肉穗花序长的2-5倍或更长，稀近等长;肉穗花序圆柱状，上部渐尖，直立或稍弯。花白色。成熟果序长7-8厘米，粗可达1厘米。幼果绿色，成熟时黄绿色或黄白色。花果期2-6月。
石菖蒲，属天南星科、菖蒲属禾草状多年生草本植物，多年生草本植物。根茎芳香，外部淡褐色，根肉质，具多数须根，根茎上部分枝甚密，植株因而成丛生状，分枝常被纤维状宿存叶基。叶无柄，叶片薄，基部两侧膜质叶鞘宽可达5毫米，上延几达叶片中部，渐狭，脱落；叶片暗绿色，线形，基部对折，中部以上平展，先端渐狭，无中肋，平行脉多数，稍隆起。花序柄腋生，三棱形。花白色，幼果绿色，成熟时黄绿色或黄白色。花果期2-6月。
2.产地生境不同
九节菖蒲，生于海拔1200-1800m的山地沟谷边或灌木丛中。分布于山西南部、陕西南部、河南西部、湖北西北部。喜凉爽气候条件。
石菖蒲，生于海拔1500-1750米（2600米）以下的水边、沼泽湿地或湖泊浮岛上，也常有栽培。 最适宜生长的温度20-25℃，10℃以下停止生长。冬季以地下茎潜入泥中越冬。喜冷凉湿润气候，阴湿环境，耐寒，忌干旱。
