一、作者不同
1、《数码宝贝》：作者是本乡昭由。
2、《神奇宝贝》：作者是田尻智、杉森建、增田顺一。
二、播放平台不同
1、《数码宝贝》：播放平台是爱奇艺（独播）。
2、《神奇宝贝》：播放平台是爱奇艺、腾讯视频、优酷网、bilibili、芒果TV。
三、导演不同
1、《数码宝贝》：早川启二、今村隆宽、今泽哲男、角铜博之等。
2、《神奇宝贝》：汤山邦彦、日高政光、富安大贵。
1、出品公司不同：
数码宝贝：《数码宝贝》是由日本东映动画公司以数码怪兽为原型制作的系列动画，TV版于1999年开播。
神奇宝贝：由东京电视台，MEDIANET，小学馆集英社制作，改编自宝可梦系列游戏。是由汤山邦彦等执导，园田英树、大桥志吉等编剧，松本梨香、大谷育江等配音的同名长篇电视动画系列。
2、剧情不同：
数码宝贝：本片的剧情接续于1999年3月上映的电影《数码宝贝》，讲述了八神太一、石田大和、武之内素娜等八位孩子因意外进入网络世界，在同伴数码宝贝的陪伴下，一同展开的奇幻冒险故事。
神奇宝贝：在无印篇中，新手训练家小智从大木博士那里获得的是一只勉强又喜怒无常又不喜欢进入精灵球的皮卡丘，小智离开了家乡真新镇，在关都地区展开他的旅程。在赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加宝可梦联盟。在旅途中加入小智的是两位良师益友——小刚和小霞。
参加石英大会后，小智受大木博士委托启程前往橘子群岛，从内木博士那里取得GS球，小刚暂时留在内木博士那里。旅途中小智参赛橘子联盟，还遇到宝可梦观察家小建，便与他一同旅行。回到真新镇后，大木博士无法理解怎么样把GS球打开，所以就把小建留下做助手，派小智、小霞、小刚前往城都地区，把GS球交给桧皮镇的钢铁先生。后参加了宝可梦联盟－城都联盟的白银大会。
3、社会反响不同：
数码宝贝：《数码宝贝》是由日本东映公司制作的系列动画，共出了六季，播映之后赢来了广大好评。这第一部动画可以说是一部虚幻、神秘、充满童心乐趣的动画巨作。该作在播映十多年后的2011年（生日），pixiv上仍有多幅纪念作品获好评记录，也可见其影响力。
神奇宝贝：作为一个高人气的系列作品，宝可梦系列在流行文化中无疑留下了自己的记号。宝可梦系列中登场的宝可梦们也变成了流行文化的符号：梅西感恩节大游行上两个不一样的皮卡丘气球、全日空的宝可梦喷气飞机、数以千计的衍生商品，名古屋和台北的宝可梦公园等等。宝可梦在1999年登上了时代杂志
