在层岩巨渊的故事完成后，通往须弥的道路终于连通，旅行者和派蒙也踏上了这片充满绿色生机的国度，而他们的目标是见到小吉祥草王。他们刚踏入须弥时想找人问路，但找到的路人却很不礼貌的不理会二人。但跟随此人到达一处地方后，旅行者却闻到了一股奇异的味道而晕倒，在梦中，似乎见到了一棵奇异的大树，耳边不断传来“世界，遗忘我”的声音。
当醒来时，发现是一个叫柯莱的少女救了自己。旅行者此时在一个叫化城郭的地方，而柯莱是一名巡林员，她的师父巡林官提纳里说明了情况，旅行者闻到的熏香是学者海芭夏冥想安神之用，提纳里问了旅行者的状况后，说旅行者出现了幻觉需要继续疗养。
闲不住的旅行者为了表达感谢，主动要求提纳里给自己介绍工作。在跟随柯莱清洁七天神像和检查设施后，向柯莱问了草神的情况。上一代草神大慈树王创造了整个须弥的人文环境，但后来失踪，教令院才找到现在的草神小吉祥草王。而且柯莱居然跟安柏早就认识，也早就知道旅行者的大名。
在休息时，柯莱给旅行者分享了美食口袋饼，并说自己的师父曾经被生论派的学者邀请去教令院任职，但提纳里拒绝了。派蒙开玩笑的揉了柯莱的头，但柯莱却失控尖叫。觉得自己失态的柯莱道了歉，但派蒙不以为意，回到了化城郭。而第二天提纳里说了情况，原来柯莱得了一种几乎无法治愈的魔鳞病，这种病会逐步使患者手脚发麻直至死亡，但柯莱小时候曾经在至冬国执行官博士那里治疗此病，虽然很好的遏制住了，但那段经历造成了一些恐惧。
在与提纳里采药的途中，从其他巡林官那里得知附近有死域，旅行者自告奋勇前去帮忙，清除了死域。而死域和魔鳞病的情况最近越来越严重，提纳里跟旅行者同时解释了世界树的情况。回到化城郭，提纳里得知海芭夏那里出了点事，因为三天没吃东西晕倒在那。但是赶到那里后，发现了个神秘的生物，旅行者的意识也进入了幻觉，在幻觉当中与神秘的深渊使徒打了一场。
当回过神来时发现便当都已经掉在了地上，但发现这里有很多水果，救醒了海芭夏。海芭夏说那个生物是邻居，拥有造梦的能力。做了点吃的给海芭夏补充后，她表示自己是教令院的学者，而须弥人是不会做梦的。回到化城郭，看到教令院的人再一次请提纳里出山。由于提纳里并不知道怎么见到小吉祥草王，便给了封介绍信，让旅行者前往须弥城。
在须弥城外，教令官给了他们一个虚空终端，它能让使用者随时接入虚空网络获取自己想要的信息。根据介绍信找到了学者鲁哈维，但他也不知道怎样见到小吉祥草王。旅行者想起来可以找凯瑟琳帮助，凯瑟琳建议旅行者去三十人团找阿斯法德。但阿斯法德告诉他们，须弥人现在仍信奉的是大慈树王，他也没有办法。但一名叫迪娜泽黛的路人叫住了旅行者，她是小吉祥草王的信徒。
但似乎有人追着迪娜泽黛，旅行者帮助她引开了追兵。他们找到迪娜泽黛后来到酒馆，没想到迪娜泽黛家的侍卫迪希雅还是找了过来，要把她强行带回家。不过在劝说下，迪希雅没有为难。迪娜泽黛说她可能见过草神大人，每年信徒们也会在草神大人的生日举办花神诞祭，他们来到大巴扎找到妮露，妮露正在筹备诞祭的事。也多亏了迪娜泽黛的资助，妮露也将在诞祭那天跳花神之舞，而凯瑟琳也破天荒的在这里闲逛。
迪希雅给了条线索，教令院丢了一个跟神明有关的东西，或许能通过这个觐见草神。找到阿斯法德，他建议旅行者到奥摩斯港看看。通过路人的谈话，旅行者花了五十万摩拉找到几个阿赫玛尔之眼的人购买了情报。但一个叫艾尔海森的人出现阻止了他们，这些人似乎对他颇为忌惮，交还了摩拉后与艾尔海森约战。
艾尔海森似乎知道丢失物品的事，那东西是一个特别的罐装知识，而罐装知识是禁止私人流通的非卖品。为了得到他的信任，旅行者帮他去黑市上找一个叫多莉的人购买走私的罐装知识，因为多莉对艾尔海森抱有敌意。
花了大价钱从多莉那买到了很多罐装知识，总算得到了一分信任，艾尔海森说那个东西是神明的罐装知识，并教他们使用罐装知识的方法。第二天，根据艾尔海森的指示，旅行者向多莉打听消息，多莉说神明罐装知识已经被阿赫玛尔之眼买下。到了约战的那天，艾尔海森和旅行者打败了阿赫玛尔的人，但他们的首领似乎使用了那个罐装知识而陷入癫狂，旅行者将其击倒后让他被风纪官逮捕。
由于没能找到见草神的方法，旅行者他们回到了须弥城的大巴扎。在迪娜泽黛的带领下，旅行者和派蒙游玩了花神诞祭会场，度过了快乐的一天。但中途碰到了绑匪，他们想绑架迪娜泽黛。旅行者保护迪娜泽黛逃走，迪希雅独自对付这些人。等迪希雅与他们汇合后，发现迪希雅受了点伤，原来她当了自己的剑资助妮露，换了新的大剑并不称手。这时候迪娜泽黛有些不舒服，才告诉旅行者自己是魔鳞病末期。
迪娜泽黛想亲自看看妮露跳花神之舞，但回到大巴扎后，却看到大贤者亲自带人来禁止举办诞祭，妮露只能含泪照办。旅行者当晚回到了房间，却为花神诞祭的事感到遗憾。但第二天醒来时，却发现当天发生的事有种熟悉感，一连几天都在重复那一天的事并删除了当天的记忆，似乎时间重置了一般。在闲逛时，旅行者看到了一个奇怪的小女孩的身影。
找到小女孩后，居然发现这里有另一个躺在床上的迪娜泽黛。但小女孩似乎早就认识他们，并说他们已经参加了好几个花神诞祭，床上的迪娜泽黛才是真的，并说自己叫纳西妲。根据纳西妲的提示，旅行者似乎察觉到自己可能在一天的时间内轮回。通过调查，别人似乎都没有察觉到。虽然纳西妲跟着旅行者，但别人却看不见。带迪希雅找到真的迪娜泽黛，发现她气息已经很微弱了。
纳西妲提示了一些信息后，旅行者将虚空和须弥人不会做梦的线索联系起来，觉得自己可能深陷在了梦境中。可能是虚空终端让他们进入了梦境，但摘掉终端并没有作用。纳西妲说，教令院用这种方法让所有人的梦境成为他们思考和分析问题的终端，但因为副作用不能让旅行者直接清醒。
终于在一遍遍改变历史的尝试中，旅行者恢复了记忆，并通过走出城外发现了自己处于虚假的空间，而城外的世界均是一个个被虚空吸走的梦境。而根据纳西妲的提示，旅行者大概知道了梦境的真相，也猜到了纳西妲的身份就是小吉祥草王，教令院却为了知识背离了她。纳西妲和旅行者约定第二天破解梦境轮回，但第二天，却得知了迪娜泽黛已死的消息。
纳西妲告诉旅行者，要找到梦境主体的那个人，让她清醒才可以破解梦境，而其他人均只是带有原体情感的人偶。在寻找主体时，遇到了迪娜泽黛的人偶，但她却很有感情的与旅行者道别。经过调查，发现妮露就是那个主体。在旅行者的提醒下，妮露察觉到了自己身处梦境中。但为了不留下遗憾，妮露倾尽自己的所有情感跳了一场完美的花神之舞，恍惚间旅行者看到迪娜泽黛的灵魂也出现在这里，整个世界慢慢化为光点散去，梦境也随着花神之舞迎来了终点。
旅行者终于从梦境中醒来，在现实世界到处寻找迪娜泽黛。但找到迪娜泽黛时，却发现她没事。旁边凯瑟琳居然用着纳西妲的声音问好，派蒙猜到这个凯瑟琳其实是纳西妲。纳西妲说，旅行者还是打破了轮回，拯救了迪娜泽黛。而凯瑟琳其实是至冬国制作的人偶，纳西妲能通过虚空网络控制凯瑟琳。尽管遇到了不少事，但纳西妲却觉得这次是她最开心的一次生日，全剧终。
3.0的剧情为玩家带来了须弥故事的开篇，让玩家认识到了须弥的风土人情和人文往事，教令院、草神和镀金旅团的种种故事又带来了多个谜团，也为3.1版本的故事做出了铺垫。
