一、性质不同
1、菩提根不是树根，而是一种叫做贝叶棕的种子，表面粗糙有花纹，里面是白色的。经过长时期的盘玩会变成黄褐色。是制作念珠的佳品。菩提根打磨后，遇水会产生酸酸的味道，随着盘玩包浆，味道会逐渐消失。
2、菩提子（物名）指西藏语之Bodi－ci果，可以作数珠，并非是菩提树所结的果实，而是草本植物川谷草草籽，校量数珠功德经曰：“若用菩提子为数珠者，或用掏念，或但手持数诵一遍，其福无量。”见数珠条。
二、外型上
1、菩提根是种子，是圆形的，尺寸大，表面粗糙，磨开是洁白的肉。
2、菩提是果核，是三角形的，像蒜瓣一样，尺寸较小。
三、月眼不同
1、菩提根和菩提成品珠颜色都是洁白如玉，看起来十分相似，菩提根偏米黄，半透明，白玉菩提偏奶白，实心不透明。
2、菩提根是实心、厚实的感觉，菩提根是通透、透亮的感觉。菩提根没有月眼，而白玉菩提有月眼和月牙，且由于是天然生成，月眼和月牙无规则，和星月菩提一样。
3、菩提根无月眼；有一些菩提根也有月眼，但是人工打上去的，月眼规则，且没有月牙；菩提有月眼月芽，且无规则。
有区别。
1、植物类别不同
菩提根是油棕的果实。
而菩提子则是贝叶棕的树籽。
2、产地不同
菩提根的产自主要分布在非洲、马来西亚、印尼和我国南方。
而菩提子的产地主要是印度、斯里兰卡等热带地区，我国云南省也有种植。
