生态补偿机制是以保护生态环境、促进人与自然和谐发展为目的，调整与生态环境保护和建设相关的各方利益关系的一系列行政、法律、市场等手段的总和。建立和完善生态补偿机制，有助于推动环境保护工作实现从以行政手段为主向以行政、经济、法律等综合手段为主转变，有助于推动资源节约型、环境友好型社会建设。
生态补偿的主要方式一般可归纳为三种：一是财政转移支付，如国家通过加大对西部重要生态功能区域的财政转移支付，补偿该地区因保护生态环境而导致的财政减收，特别是因发展方式和发展机会受到一定限制而导致的收入减少。二是项目支持，包括对各种生态环境保护与建设项目、生态环境重点保护区域替代产业和替代能源发展项目，以及生态移民项目的支持。这种方式实际上也是国家财政转移支付的一种具体形式。三是征收生态环境补偿税（费）。这是在我国许多地区已经试行过的一种补偿方式。通过建立生态环境税（费）制度，设立固定的生态环境保护与建设资金渠道，实现生态环境保护与建设投入的规范化、社会化和市场化。
建立生态补偿机制具有极其重要的战略意义。第一，建立生态补偿机制是促进地区间协调和公平发展的重要手段。在我国，生态环境的恶化一方面严重地制约着经济的持续发展，另一方面也因生态环境保护成果的不合理分享，加剧了城乡之间和地区之间发展的不平衡和不协调，影响到社会福利在不同群体间的公平分配，在局部地区甚至影响到社会的稳定，需要通过生态补偿机制等调整环境利益分配关系的手段，来促进城乡、地区和社会群体间的协调和公平发展。第二，建立生态补偿机制是国家生态环境保护与建设的关键所在。建立完善的生态补偿机制，为生态保护和建设提供强有力的政策支持和稳定的资金渠道，是“在发展中保护，在保护中发展”思想得以长期、稳定实施的重要手段。第三，建立生态补偿机制是生态环境管理规范化、市场化的制度保障。目前，国家已经建立了一些初步的生态补偿资金和渠道，但由于机制不完善，补偿不能完全依理、依法进行，部门利益导致补偿受益者与需要补偿者相脱节。国家需要建立完善、统一的生态补偿机制，确保在公平、合理、高效的原则下，实现生态环境保护与建设投入的制度化、规范化、市场化。
