名称不同。2年制是专业型硕士，3年制是学术型硕士。
培养方向不同。2年制培养多应用于实际问题，3年制培养于科学学术问题的研究。
最后是2年制的时间晚于3年制的。
研究生学制两年和三年的区别比较复杂，不能一概而论，具体的主要有下面几种情况：
1、硕士类型不同所带来的学制不同。几年来国家在不断加大专业硕士的培养力度，力争把专业硕士研究生培养为能够解决工程实践问题的高级人才。书生当年考完时，专业硕士的录取指标约为学术硕士的一半。我们一个学院当年录取160多人，分了三个班级，学硕两个班，专硕一个班。随着专硕录取人数增加，很多学校专硕和学硕人数差不多相等，甚至走的学校专硕人数远远超出学硕。
书生当年读研时，可能是学校没有培养专硕的经验，就个人感知而言，两者没有任何区别。当时要求专硕必须去企业实习一段时间，学硕没有特定要求；但在实际执行中，去不去企业实习要看导师。假如导师项目多，需要人干活，那么专硕也就不要出去了；反之如果导师没有项目，你就是学硕也可能被导师安排到企业实习，而且两者学制都相同。
随着专硕培养机制的逐渐成熟，两者的培养过程和针对性区别也越来越大。现在有的学校将学硕学制定为3年，专硕学制定位2年。
2、同类硕士学制也有差别。有些学校，在硕士研究生的培养过程中，学制也是变化的。这种形式的学制变化，更多的是刚开始具有研究生培养资格院校，在培养的过程中不断的发展学制设置不合理而进行的改变。比如书生知道有一所学校，刚开始招研究生只有几届，毕业生也不多。19年招生的时候还是两年学制，20年新生就改为三年学制了。
另外，学制的不同，对研究生找工作影响不是很大，用人单位看重的更多的是毕业院校及专业领域，既然发给你硕士毕业证书和学位证书，就证明了你具备了对应学历学位的水平，学制就不再重要了。
