PWM控制器的充电效率会受到温度的影响，太阳能电池温度在45~75℃左右时，充电效率是最好的。
与PWM控制器相比，MPPT控制器具有最大功率跟踪功能，在电池未达到饱和状态前，在充电期间，能保证太阳能电池板始终以最大功率输出，不会受到温度的影响，从充电效率来说，自然是要比PWM更高的。
另外就是PWM控制器只能配套使用相关电压，比如12V系统电池板只能配套使用12V控制器和蓄电池，适合一些2kw以下的小型离网系统，结构简单，用户接线方便，价格也比较便宜。
PWM是利用微处理器的数字输出对模拟电路进行控制。采用强充，均衡充，浮充3阶段充电方式;PWM太阳能控制器解决了电池充不满、蓄电池使用寿命短的问题，但太阳能电池板没有完全利用起来。 MPPT太阳能控制器,指具备“最大功率点跟踪”(Maximum Power Point Tracking)功能的太阳能控制器，MPPT太阳能控制器能够实时检测太阳能板电压和电流，并不断追踪最大功率(P=U*I)，使系统始终以最大功率对蓄电池进行充电，MPPT跟踪效率为99%，整个系统发电效率高达到97%，并且把电池充电阶段分为MPPT充电、恒压均充电和恒压浮充电阶段。
