1、注意阴凉通风：前、中期采收的佛手瓜应先放在阴凉通风处堆藏，待初霜来临时，再入窖、入室贮藏。
2、要严格挑选：入贮的佛手瓜要严格挑选，剔除受伤、受冻的佛手瓜。
3、窖、室要消毒：入贮前应先把地窖或室内用硫磺或福尔马林熏1遍，杀灭窖内或室内病菌。
4、佛手瓜体消毒：对入贮的佛手瓜可用25%多菌灵800倍液或甲基托布津液800倍液浸5分钟，捞出沥干，杀灭瓜体表面的病菌。
5、盖塑料薄膜：不论窖藏、室内堆藏、容器贮藏，表面都应盖1层塑料薄膜，以减少贮藏期的水分散失，保证商品重量，但不能密封太严。
6、套塑料袋：家庭用竹篓、条筐、大缸等容器贮藏时，每个瓜套1个塑料袋，这样既可减少病菌传播，又能防止瓜体失水，但要注意不要扎口。
耕种帮提醒不论用何种方式贮存，在入贮前应翻倒瓜堆两次，剔除烂瓜。此外，通风换气和保温保湿也要时时当心，才能达到安全贮藏的目的。管理得好，9~10月份采收的佛手瓜，可以保存到翌年4~5月份，而且保持风味不变。
种瓜的贮存：
佛手瓜瓜体水份充足，耐贮存。可将采摘后的种瓜放进地窖中，像贮存红薯和土豆一样贮存即可。
如果没有地窖，也可以将佛手瓜种瓜放在室内贮存。在室内温暖的角落，地面上铺一层湿润的细泥土或细沙，宽度10─15厘米，将种瓜摆放在上面，用湿润的细泥土或细沙把缝隙填平，厚约2─3厘米。再在上面摆放种瓜，再用细土或细沙把缝隙填满，以此类推，可以叠放种瓜4─6层。最上面盖土或细沙厚10─15厘米，在土层上用旧衣服或麻袋覆盖保温保湿。翌年开春后揭掉上面的覆盖物，待到种瓜生长点出芽后即可栽种到地里去了。
