正品的EM菌即使超量使用对鱼塘也不会有太大影响，如果是伪劣产品，则有可能造成水产缺氧。EM菌有益微生物在水产养殖上一方面可以消化降解氨-氮、亚硝-酸盐、 硫化-氢等有害物质，同时另一方面，长期使用EM菌有益菌在水中形成优势后，可以抑制有害菌，减少鱼虾病的发生，减少化学药物对水体生态环境的影响。
EM使用注意事项：
1、EM益生菌为酸味略带醇甜香的褐色半透明液体，必须注意初开瓶时气味，若气味有变化（出现异味或只酸不香和只甜不酸，没有酒曲香味）即为变质，就不能使用，若容器底部稍混浊及上部浮有少量白色物质均属正常。用后应立即盖紧瓶盖，保持密封。
2、EM益生菌应存放在避光凉爽的地方，适宜温度为5℃－45℃，超出这个温度，有些菌种的活力会受影响，应适当增加用量。EM益生菌保质期18个月，若保管得好（未开瓶或者不发生异味），18个月以后仍可一直使用，只是活性有所降低，须适当加大用量。
3、不能与抗生素或农药同时使用，也不要用打过农药的器皿盛放EM益生菌，与池塘外用消毒剂的间隔时间必须在3天以上，以免影响使用效果。
4、使用EM益生菌时所用清水必须是洁净的井水或河水，因自来水中含有漂白粉，须放置一昼夜后才能使用。
