有以下区别：
1. 湖畔大学建立于2015年, 西湖大学2016年。
2. 湖畔大学的金主是马云, 而西湖大学的金主是马化腾。
3. 湖畔大学目的是商业化人才, 而西湖大学目的是研究型学校。
4. 湖畔大学在阿里总部淘宝城旁边, 而西湖大学在阿里的云栖小镇里。
西湖大学和马湖畔大学根本就是两回事，完全不相干，在办学形式、性质和目的方面存在很大差距。
1、在办学形式上存在本质的区别。
湖畔大学由马云等商界领袖创办，是一所民办的“商学院”，主要是为了培养企业家，湖畔大学的学生大多都是创业者以及商业精英。西湖大学则是一所民办的创新型、研究型大学，主要由施一公、陈十一等学者推动建立，从民间筹集资金。西湖大学的成立是为了培养真正的世界顶尖人才，建立世界一流的大学。因此，西湖大学和湖畔大学办学形式存在根本性的差异。
2、办学目标不一样。
西湖大学的校长施一公是清华大学的学术大咖，生命科学领域的著名学者，西湖大学的办学目标是建设世界一流大学、培养世界顶尖人才。而湖畔大学的校长是商界大佬马云，办学目标是培养企业家，让中国的企业能够“活得更久”。
3、招生也不一样。
西湖大学目前只招博士生，从严格意义上讲，西湖大学是一所真正的大学，属于学历教育，即使以后招收本科生，毕业后是有教育部认可的毕业证、学位证的。而湖畔大学更像是一个进修班，没有学位授予权，而且教师队伍大多“实干经验”丰富，但普遍学历偏低。
