菲律宾位于亚洲东南部，北隔巴士海峡与中国台湾省遥遥相对，南和西南隔苏拉威西海、巴拉巴克海峡与印度尼西亚、马来西亚相望，西濒南中国海，东临太平洋。总面积为29.97万平方公里，共有大小岛屿7000多个，其中吕宋岛、棉兰老岛、萨马岛等11个主要岛屿占菲律宾总面积的96%。海岸线长约18533公里。
菲律宾群岛地形多以山地为主，占总面积3/4以上；有200多座火山，其中活火山21座。除少数岛屿有较宽广的内陆平原外，大多数岛屿仅沿海有零星分布的狭窄平原。吕宋岛东南的马荣火山是最大的活火山；棉兰老岛东南部的阿波火山海拔2954米，为境内最高峰。各岛之间为浅海，多珊瑚礁。菲律宾群岛两侧为深海，萨马岛和棉兰老岛以东的菲律宾海沟，最深达10479米，是世界海洋最深的地区之一。
菲律宾属季风型热带雨林气候，高温、多雨、湿度大、台风多。年平均气温约27℃，年平均降水量大部分地区在2000-3000毫米之间。群岛西部有旱季（11-次年4月）和雨季（5-10月）之分，东部海岸终年有雨，并以冬雨最多。南部地区也终年多雨，无明显旱、雨季之分。东部的太平洋面是台风发源地，每年6-11月多台风。
菲律宾境内河流均较短小。吕宋岛最大河流卡加延河，长350千米；棉兰老岛以棉兰老河和阿古桑河较大。
